輪王寺（りんのうじ）は、栃木県日光市にある天台宗寺院。創建は奈良時代にさかのぼり、近世には徳川家の庇護を受けて繁栄を極めた。明治初年の神仏分離令によって寺院と神社が分離されてからは、東照宮、二荒山神社とあわせて「二社一寺」と称されているが、近世まではこれらを総称して「日光山」と呼ばれていた。「輪王寺」は日光山中にある寺院群の総称でもあり、堂塔は、広範囲に散在している。国宝、重要文化財など多数の文化財を所有し徳川家光をまつった大猷院霊廟や本堂である三仏堂などの古建築も多い。世界遺産に登録されている。
日光山内の社寺は、東照宮、二荒山神社、輪王寺に分かれ、これらを総称して「二社一寺」と呼ばれている。東照宮は徳川家康を「東照大権現」という「神」として祀る神社である。一方、二荒山神社と輪王寺は奈良時代に山岳信仰の社寺として創建されたもので、東照宮よりはるかに長い歴史をもっている。ただし、「二社一寺」がこのように明確に分離するのは明治初年の神仏分離令以後のことであり、近世以前には、山内の仏堂、神社、霊廟等をすべて含めて「日光山」あるいは「日光三所権現」と称し、神仏習合の信仰が行われていた。現在、輪王寺に属する建物が1箇所にまとまっておらず、日光山内の各所に点在しているのは、このような事情による。「経蔵」「薬師堂（本地堂）」など、一部の建物については2005年現在も東照宮と輪王寺のいずれに帰属する建物であるか決着を見ていない。
輪王寺は、下野国（栃木県真岡市）出身の奈良時代の僧・勝道上人により開創されたと言われている。下野国には当時、東国一の寺院と言われた下野薬師寺があり、早くから仏教文化の栄えた土地であったらしい。開創の事情は、寺伝によれば以下のとおりである。天平神護2年（766年）、勝道上人と弟子の一行は、霊山である日光山の麓にたどりついたが、大谷川（だいやがわ）の激流が彼らの行く手をはばみ、向こう岸へ渡ることができずに困っていた。そこへ、首から髑髏（どくろ）を下げた、異様な姿の神が現われ「我は深沙大王（じんじゃだいおう）である」と名乗った。深沙大王は2匹の大蛇を出現させると、それらの蛇はこちら岸と向こう岸を結ぶ橋となり、勝道上人一行は無事対岸へ渡ることができたという。現在、日光観光のシンボルになっている「神橋」（しんきょう）はその伝承の場所に架かっている。深沙大王は「深沙大将」とも呼ばれ、唐の玄奘三蔵が仏法を求めて天竺（インド）を旅した際に危機を救った神であるとされ、神橋の北岸には今も深沙大王の祠が建っている。「2匹の大蛇」云々の話が伝説にすぎないことは言うまでもないが、この伝承は日光山が古くから山岳信仰の聖地であったこと、日光山が近付きがたい場所であったことを反映しているものと思われる。
勝道上人は、大谷川の対岸に聖地を見付け、千手観音を安置する一寺を建てた。紫の雲たなびく土地であったので、「紫雲立寺」（しうんりゅうじ）と言ったが、後に「四本龍寺」（しほんりゅうじ）と改めたという。現在の輪王寺の本堂（三仏堂）は、大谷川からかなり離れた土地にあるが、「四本龍寺」の旧地にも観音堂など、若干の堂塔が建っている。翌神護景雲元年（767年）、勝道上人は四本龍寺に隣接する土地に男体山（二荒山）の神を祀った。二荒山神社の始まりである。現在、「本宮神社」と呼ばれている社地がこれに当たる。なお、勝道上人がこの神を祀ったのは、延暦9年（790年）だとする説もある。
天応2年（782年）、勝道上人は日光の神体山である男体山（2,484メートル）の登頂に成功した。観音菩薩の住処とされる補陀洛山（ふだらくさん）に因んでこの山を二荒山（ふたらさん）と名付け、後に「二荒」を音読みして「ニコウ＝日光」と呼ばれるようになり、これが「日光」の地名の起こりであるという。男体山の山頂遺跡からは、奈良時代にさかのぼる仏具など各種資料が出土しており、奈良時代から山岳信仰の聖地であったことは確かである。
延暦3年（784年）、勝道上人は、四本龍寺西方の男体山麓にある湖（中禅寺湖）のほとりに中禅寺を建立した。これは、冬季の男体山遥拝所として造られたものと言われている。「立木観音」の通称で知られる中禅寺は現存しているが、当初は湖の北岸にあった堂宇が明治時代の山津波で押し流されたため、現在は湖の東岸に移転している。
創建以後、平安時代には真言宗宗祖の空海や天台宗の高僧・円仁（慈覚大師）らの来山が伝えられる。円仁は嘉祥元年（848年）来山し、三仏堂、常行堂、法華堂を創建したとされ、この頃から輪王寺は天台宗寺院としての歩みを始める（現存するこれらの堂は、いずれも近世の再建）。「常行堂」「法華堂」という同形同大の堂を2つ並べる形式は天台宗特有のもので、延暦寺や寛永寺にも同名の堂が建てられた。
鎌倉時代の日光山は幕府や関東地方の有力豪族の支援を受け隆盛した。男体山、女峰山、太郎山の三山の神を「日光三所権現」として祀る信仰はこの頃に定着したようである。三山、三所権現、祭神（垂迹神）、三仏（本地仏）の対応関係は次のとおりである。
以上のように日光山では山、神、仏が一体のものとして信仰されていたのであり、輪王寺本堂（三仏堂）に3体の本尊（千手観音、阿弥陀如来、馬頭観音）を安置するのは、このような信仰形態によるものである。
輪王寺は天正18年（1590年）、豊臣秀吉の小田原攻めの際、北条氏側に加担したかどで寺領を没収され、一時衰退した。しかし、近世に入って、天台宗の高僧・天海が貫主（住職）となってから復興が進んだ。元和3年（1617年）には徳川家康の霊を神として祀る東照宮が設けられた（現存の東照宮社殿はこの時のものではなく、20年ほど後に建て替えられたもの）。承応2年（1653年）には3代将軍徳川家光の霊廟である大猷院（だいゆういん）霊廟が設けられた。東照宮と異なり仏寺式の建築群である大猷院霊廟は近代以降、輪王寺の所有となっている。その翌年の明暦元年（1655年）には後水尾上皇の院宣により「輪王寺」の寺号が下賜され（それまでの寺号は平安時代の嵯峨天皇から下賜された「満願寺」であった）、後水尾天皇の第3皇子・守澄法親王が入寺した。以後、輪王寺の住持は法親王（親王宣下を受けた皇族男子で出家したもの）が務めることとなり、「輪王寺門跡」あるいは「輪王寺宮」と称した。のちに還俗して北白川宮能久親王となる公現法親王も、輪王寺門跡の出身である。輪王寺宮は輪王寺と江戸上野の寛永寺（徳川将軍家の菩提寺）の住持を兼ね、比叡山、日光、上野のすべてを管轄して強大な権威をもっていた。